Przed wybuchem wojny obronnej 1939 r. pracował na stanowisku oficera wychowawcy w Szkole Morskiej w Gdyni. Po zajęciu miasta przez Niemców został aresztowany. Wkrótce jednak zwolniono go i pod koniec października 1939 r. wyjechał do Warszawy, gdzie wstąpił w szeregi Organizacji Wojskowej Związek Jaszczurczy. W listopadzie tego roku, na rozkaz komendanta głównego Związku Jaszczurczego porucznika Władysława Marcinkowskiego ps. „Jaxa”, rozpoczął nawiązywanie kontaktów z uciekinierami z Pomorza. Utworzył z nich tzw. Grupę Pomorską, która stanowiła zalążek Okręgu Pomorskiego ZJ z siedzibą w Warszawie.
Mieczysław Dukalski jesienią 1940 r. uczestniczył w rozmowach z Delegatem Rządu RP na Pomorze, Antonim Antczakiem, podczas których omawiano m.in. sprawy ułatwienia Delegaturze Rządu łączności z Pomorzem oraz utworzenia tzw. Milicji Pomorskiej w Toruniu. Na jej czele stanął M. Dukalski. Trudne warunki konspiracyjne na Ziemiach Zachodnich i Pomorzu spowodowały, że KG ZJ podjęła decyzję o utworzeniu Komendy Ziem Zachodnich, przemianowanej wkrótce na Inspektorat Ziem Zachodnich (IZZ). M. Dukalski został mianowany szefem oddziału I Inspektoratu. Był on również organizatorem i dowódcą oddziału specjalnego Akcji Specjalnej, który składał się z ludzi pochodzących z Pomorza, Śląska czy Łodzi i wykonywał m.in.