Zainicjował działanie kolumn sanitarnych, które działając najintensywniej na Lubelszczyźnie umożliwiły ucieczkę wielu osobom pochodzenia żydowskiego. Z jego inicjatywy rozpoczęto zakonspirowaną produkcję szczepionek przeciw durowi plamistemu, które trafiały do oddziałów partyzanckich, zakładów karnych i obozów pracy przymusowej. Wykładał mikrobiologię na konspiracyjnych kursach PZH, prowadził praktykę lekarską i własne laboratorium analityczne. Od początku 1944 reprezentował Robotniczą Partię Polskich Socjalistów zasiadając w Krajowej Radzie Narodowej. Po przedostaniu się do Lasów Parczewskich zorganizował system pomocy sanitarnej dla walczących oddziałów Armii Ludowej. Po ogłoszeniu manifestu PKWN powierzono mu początkowo funkcję zastępcy kierownika resortu pracy, opieki społecznej i zdrowia. Podczas formowania rządu został wybrany na stanowisko wiceministra zdrowia, równocześnie został Naczelnym Nadzwyczajnym Komisarzem ds. walki z epidemiami, które opanował organizując tzw. kolumny sanitarno-epidemiologiczne. W tym czasie powrócił do pisania pracy „Badania nad nosicielstwem pałeczek duru brzusznego”, na podstawie której habilitował się na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej. Stanął wówczas na czele Katedry Mikrobiologii na Wydziale Lekarskim, w następnym roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego.