W 1919 współtworzył w Damaszku Arabską Akademię Medyczną. Był jednym z jej wykładowców, zebrał również dla nowo powstałej uczelni kadrę naukową i dydaktyczną, tłumaczył opracowania medyczne z języka tureckiego na język arabski. W 1920 Francja zlikwidowała państwo Fajsala, ustanawiając na Bliskim Wschodzie swoje terytorium mandatowe (Syria i Liban). Szachbandar został skazany na śmierć za współpracę z probrytyjsko nastawionymi Haszymitami, zdołał jednak zbiec z Syrii. Według innego źródła został jedynie aresztowany i zmuszony do wyjazdu za granicę.
W Syrii pod panowaniem francuskim W latach 1920–1922 Szachbandar podróżował po Europie, starając się zdobywać poparcie dla idei jednego niepodległego państwa wszystkich Arabów, rządzonego przez Haszymitów. W 1922 wrócił do Syrii, gdy władze francuskie ogłosiły amnestię powszechną. W Damaszku otworzył prywatną klinikę, a niezależnie od tego zaczął skupiać wokół siebie zwolenników niepodległości Syrii. Jeszcze w tym samym roku został oskarżony o zawiązanie spisku na rzecz obalenia mandatu francuskiego w Syrii i skazany na dwadzieścia lat pozbawienia wolności. Wyszedł z więzienia już w 1923, ponownie na mocy amnestii.