Również w kwestiach polityki wewnętrznej napotkał na problemy. Na niezależność wybijało się hrabstwo Kastylii, które już za życia jego wnuka Bermudo III w 1037 miało podbić León. Od września 991 roku do listopada 992 roku król znajdował się na wygnaniu wobec rewolty, dokonanej przez niezadowolonych magnatów Gonzalo Vermúdeza i Munio Fernándeza oraz hrabiego Pelayo Rodrígueza. Po tym czasie powrócił i odnowił swoją władzę.

W 999 roku stan władcy pogorszył się ze względu na potężniejącą podagrę (od której wziął się jego przydomek) i musiał być transportowany na lektyce, gdyż nie mógł już jeździć konno. Zmarł we wrześniu 999 roku w Villanueva del Bierzo, a władzę przejął jego jedyny syn z prawego łoża, zaledwie pięcio- lub sześcioletni Alfons.

Sampiro (zm. 1042), biskup Astorga, w swoim Notario opisuje Bermudo II w samych superlatywach: "Był to władca rozsądny, potwierdził prawa nadane przez Wambę, nakazał studiować pisma kanoniczne, kochał miłosierdzie i sprawiedliwość oraz chciał wyplenić zło i wybrać dobro". Król obdarował Sampiro różnymi dobrami, m.in. monasterem w San Miguel de Almázcara w Bierzo oraz miastem Auctolupar, niedawno odebranym hrabiemu Gonzalo Bermúdezowi, który zdefraudował królewskie dobra, jakimi miał się opiekować na zamku w Lunie. Krytyczny wobec władcy był XII-wieczny biskup Oviedo, Pelayo (Pelagiusz;