W lutym 1939 objął urząd premiera Belgii. Do sierpnia tegoż roku kierował jednocześnie resortem spraw zagranicznych, a od października 1942 do września 1944 stał także na czele resortu obrony. Po zajęciu Belgii przez wojska niemieckie w maju 1940 Hubert Pierlot wraz ze swoim rządem ewakuował się do Francji. W sierpniu 1940 po zerwaniu stosunków dyplomatycznych przez rząd Vichy Hubert Pierlot i minister Paul-Henri Spaak wyjechali do Hiszpanii, gdzie zostali zatrzymani i osadzeni w areszcie domowym w Barcelonie. Obu politykom udało się jednak uciec i następnie przedostać w październiku tegoż roku do Wielkiej Brytanii. Hubert Pierlot kierował dalej emigracyjnym gabinetem, powrócił do kraju we wrześniu 1944, a zakończył urzędowanie na stanowisku premiera w lutym 1945.
Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczony najwyższymi odznaczeniami krajowymi: Orderem Leopolda III klasy, Orderem Korony IV klasy, Orderem Leopolda II IV klasy.
Otrzymał także m.in.