Badanie wykonuje się u chorego leżącego na plecach lub w pozycji siedzącej. Obowiązuje wykonanie znieczulenia miejscowego łuków podniebiennych, tylnej ściany gardła, krtani i dróg oddechowych poniżej krtani roztworem lidokainy. Dodatkowo stosuje się także tak zwaną płytką sedację podając badanemu dożylnie fentanyl lub midazolam.
W trakcie badania monitoruje się saturację (pulsoksymetria) i w przypadkach spadków saturacji dodatkowo podaje się tlen. W trakcie badania bronchoskopowego musi być zapewniony sprzęt do resuscytacji.
Do obejrzenia jamy nosowo-gardłowej używa się także fiberoskopu. Badanie zaś, pozwalające na obejrzenie migdałków, języczka, jamy nosowej i gardłowej, nazywane jest fiberoskopią. Do jego wykonania nie jest potrzebne znieczulenie, gdyż jest bezbolesne i proste. Sonda, kalibru minimalnie większego od wkładu do długopisu, wprowadzana jest przez gardło lub nos.
W trakcie i po bronchoskopii mogą wystąpić powikłania: uszkodzenie strun głosowych, uszkodzenie krtani, tchawicy, oskrzela, Odma opłucnowa, skurcz oskrzeli.
Laryngoskopia – badanie krtani.
Stroboskopia – umożliwia badanie tylnej ściany części krtaniowej gardła oraz obejrzenie z góry nagłośni.