Po okresie wojen wewnętrznych, Jozue dzięki podbojom militarnym unormował sytuację w kraju.
Polityka wewnętrzna thumb|300px|Siedziba Jozue I Wielkiego – Fasil Ghebbi. Cesarz rozładowywał istniejące w państwie napięcia natury religijnej pomiędzy odłamami kybat i teuahdo w Kościele etiopskim. Choć ogłosił się zwolennikiem odłamu teuahdo, chciał sprowadzić ich zatarg do rangi sporu li tylko teologicznego, niezwiązanego w jakimkolwiek stopniu z polityką. Cesarz dążył do unifikacji systemu gospodarczego i administracyjnego.
Reformy administracyjne Jozue I wprowadził zmiany na stanowiskach kościelnych, dworskich i dzielnicowych, tak aby ustanowiony został podległy mu aparat władzy. Około 1689 przeprowadził reorganizację ciała doradczego o nazwie mykyr biet. Jego członkowie wyrażali swoje zdanie na temat spraw państwowych w ustalonej kolejności od najmniej ważngo dostojnika do najważniejszego, czyli cesarza.
Reformy gospodarcze Jozue I zmusił władcę Massaua i Arkiko do prowadzenia handlu na dogodnych dla Etiopii warunkach. Wydał przepisy ściśle regulujące wysokość opłat celnych. Według przepisów podatkowych Jozuego w każdym okręgu mogło się znajdować tylko jedno miejsce do pobierania cła.