W 1736 powódź na Warcie spowodowała częściowe uszkodzenie kościoła. W 1739 zakończono bardzo gruntowny remont, a w zasadzie rekonstrukcję świątyni. Koszta tych działań poniósł właściciel Kiszewa - Józef Mycielski, kasztelan poznański. W 1787 benedyktyni z Lubinia zrzekli się parafii kiszewskiej (powodem było zmniejszanie się liczby zakonników nękanych restrykcjami pruskimi). 1 kwietnia 1823, podczas pożaru wsi spłonął zarówno kościół, jak i plebania oraz budynki gospodarcze. Stopiły się nawet dzwony. Z uwagi na słabe dochody i małą liczbę wiernych biskup Marcin Dunin wydał 18 lipca 1841 dekret o połączeniu parafii kiszewskiej z obornicką. Od 1858 podejmowano starania o odbudowę zniszczonej świątyni. Pod koniec XIX wieku rozpoczęto zbiórkę pieniędzy na odbudowę, jednak sprawa była blokowana przez ówczesnego właściciela wsi - księcia Ernesta Sachsen Coburg Gotha. Wydarzenia I wojny światowej ostatecznie położyły kres temu konfliktowi. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości sprawa odbudowy stała się bardziej realna. W 1922 wybudowano w miejscu dawnego kościoła kaplicę pod wezwaniem św. Izydora, rozbudowaną potem w 1924. W 1934 rozpoczęto budowę obecnej świątyni. Konsekrowano ją w 1935. 26 października 1936 wznowiono parafię kiszewskąParafia Kiszewo.