Do roku 1994 w organizacji zabronione były ciosy na głowę przeciwnika w parterze. We wspomnianym roku organizacja postanowiła objąć pieczę nad turniejem Vale Tudo Japan. Dla potrzeb turnieju, który wygrał Rickson Gracie zmieniono zasady w Shooto – można było używać ciosów w parterze. W 1996 roku utworzono międzynarodową komisję Shooto, co było końcem Shooto jako jednej organizacji, a początkiem utworzenia nowego sportu walki, uprawianego na całym świecie. Turnieje Vale Tudo Japan były organizowane jeszcze przez 5 lat, po czym po dekadzie wznowiono galę, która nosiła te samą nazwę.
Od 2000 roku zaczęły powstawać organizacje i komisję bazujące na zasadach japońskiego Shooto. 29 października 2000 odbyła się pierwsza gala w Europie (Holandia) na zasadach Shooto. W 2001 roku powstała Amerykańska Komisja Shooto. Wiele lokalnych organizacji w USA przyjęło zasady Shooto m.in.: Midwest Fighting, Tennessee Shooto, RSF Shooto Challenge i SHOOTO Hawaii. Rok później w 2002 założyciel akademii MMA Nova União André Pederneiras zorganizował pierwszą gale Shooto w Brazylii.
W Polsce zawody na zasadach Shooto są organizowane od 2008 roku przez Polską Ligę Shooto. Na nich swoje pierwsze kroki zaczynali m.in.