Po I wojnie światowej jednostka funkcjonująca jako zakład wychowawczy została przekształcona na więzienie karne. W 1937 r. zakład rozpoczął działalność jako więzienie dla młodocianych. Po zakończeniu II wojny światowej więzienie częściowo zaczęło działać już w czerwcu 1945 r. Jako funkcjonariusze służby więziennej pracowała kadra wojskowa.
W latach 1950–1951 powstał ośrodek pracy. W 1956 r. i w kolejnych latach wykonano szereg prac remontowo-gospodarczych, które w zasadniczy sposób zmieniły charakter historycznych budowli nowogardzkiej jednostki.
W 1989 r. więźniowie zorganizowali w zakładzie bunt. W czasie zamieszek zostały spalone dwa budynki przy murze południowym, które następnie rozebrano. W jednym z rozebranych budynków na poziomie piwnic zachowały się szesnastowieczne karcery, w których znajduje się jedyna zachowana w Polsce cela śmierci. W celi tej karę śmierci wykonywano do grudnia 1978 r.
Obecnie ZK w Nowogardzie jest jednostką o ścisłej zabudowie typu pawilonowego z 8 budynkami. Sześć budynków pochodzi z XIX wieku, a w dwóch zachowały się relikty z okresu średniowiecza i z XVI wieku.