W 1363 uzyskał tytuł doktora i rok później papież Urban V powierzył mu zorganizowanie fakultetu teologicznego w Bolonii.
W drugiej połowie lat 60. XIV wieku Bonaventura powrócił do Padwy. W tym czasie zaprzyjaźnił się i utrzymywał kontakt korespondencyjny z Petrarką i Katarzyną ze Sieny. Po śmierci Petrarki w 1374 wygłosił mowę na jego pogrzebie.
W 1375 Bonaventura został wysłany przez papieża Grzegorza XI jako nuncjusz apostolski do króla Węgier i Polski Ludwika w celu nakłonienia go do zaangażowania w wojnę przeciwko Turkom. Po zakończeniu tej misji, której jedynym efektem były tylko niezrealizowane obietnice, powrócił do Padwy.
W maju 1377 Bonaventura Badoer został wybrany generałem zakonu augustianów eremitów. W czasie pełnienia przez niego tej funkcji w Kościele doszło do schizmy papieskiej. Wybór papieża Urbana VI w kwietniu 1378, a następnie antypapieża Klemensa VII we wrześniu 1378, zapoczątkował wielką schizmę zachodnią. Bonaventura opowiedział się po stronie Urbana VI, który 18 września 1378 mianował go kardynałem prezbiterem S. Cecilia. Znany był odtąd jako kardynał z Padwy. O jego działalności w tym charakterze wiadomo jednak bardzo niewiele.