Niedostateczna kontrola nad środowiskiem mniejszości litewskiej sprawiała, iż odkładano między innymi powstanie skierowanego do tej społeczności litewskojęzycznego czasopisma. „Uzdrowienie” organizacji postanowiono przeprowadzić na jej II zjeździe we wrześniu 1959 roku, gdy na jej przewodniczącego wybrano partyjnego kandydata Olgierda Skrzypkę, a kilkudziesięciu delegatów musiało w obecności przedstawicieli KC PZPR i KW PZPR w Białymstoku zadeklarować wolę budowania socjalizmu w Polsce.
Mimo ograniczeń wynikających z ówczesnych realiów politycznych, organizacja działała dość prężnie. Początkowo oddziały towarzystwa powstały na Suwalszczyźnie, a później także we Wrocławiu, Słupsku i Szczecinie. Do zadań towarzystwa należało pielęgnowanie litewskiego folkloru, tworzenie amatorskich zespołów artystycznych, krzewienie oraz popularyzacja litewskiej kultury i sztuki, organizowanie wiejskich bibliotek i czytelni, domów kultury, klubów, świetlic, wystaw, odczytów, kursów języka ojczystego, ochrona nad zabytkami kultury, organizowanie wyjazdów oraz informowanie o wydarzeniach na Litwie.
Jak stwierdza Krzysztof Tarka: