Pod koniec XII wieku widoczne stały się pierwsze oznaki kryzysu kongregacji. W 1196 papież Celestyn III, na wniosek kardynała Soffredo odebrał kanonikom regularnym kościół św. Praksedy w Rzymie, ze względu na rozluźnienie obyczajów, jakie nastąpiło we wspólnocie. Kongregacja nie odzyskała już później dawnej świetności. W 1359 kościół i dom kanonicki S. Maria di Reno został splądrowany przez wojska mediolańskie, w związku z czym kanonicy przenieśli się do podległego im kościoła S. Salvatore w Bolonii. Oznaczało to faktyczny kres kongregacji S. Maria di Reno.
Kongregacja Najświętszego Zbawiciela
W 1418 wspólnota z S. Salvatore połączyła się ze wspólnotami kanoników regularnych z S. Salvatore di Lecceto oraz S. Ambrogio w Gubbio. Papież Marcin V zatwierdził nową kongregację pod nazwą Kongregacji Najświętszego Zbawiciela, a biskup Bolonii oddał nowej kongregacji kościół S. Maria di Reno. Kongregacja ta istniała aż do 1823, gdy połączyła się z kanonikami laterańskimi.