Niebawem wszyscy gracze zostają przeniesieni na główny plac miasta początkowego, gdzie mistrz gry (i jednocześnie jej twórca) Akihiko Kayaba informuje, że zostali tu uwięzieni, a jedynym sposobem na wydostanie się jest ukończenie gry (pokonanie stu pięter, gdzie na końcu każdego z nich czeka boss).
Po ponad miesiącu od rozpoczęcia gry i śmierci 2000 graczy, pewnej grupie udaje się zlokalizować bossa na pierwszym poziomie. Organizując drużynę, Kirito poznaje izolującą się dziewczynę – Asunę. Pomimo pokonania bossa, drużyna ponosi dotkliwe straty, a niektórzy jej członkowie sprzeciwiają się członkostwu Kirita, który był wcześniej beta testerem gry. Wkrótce potem dołącza on do małej gildii „Tsukiyo no kuro neko-dan” (Czarnych Kotów Pełni Księżyca), w której zaprzyjaźnia się z dziewczyną imieniem Sacchi, która bardzo boi się zginąć. Podczas jednej z wędrówek gildia wpada w pułapkę i wszyscy jej członkowie zostają zabici. Z tego powodu bohater postanawia zostać samotnym graczem. Jakiś czas później, wyrusza wraz z Asuną na zwiad 74. piętra, gdzie trafiają na komnatę bossa. W tym samym czasie dołączają do nich gildie Kleina oraz Front Wyzwolenia Aincradu, zamierzający zaatakować ostatecznego przeciwnika.