Ogółem barwy Once Caldas reprezentował przez półtora roku, zostając jednym z czołowych graczy w lidze.
Latem 2012 Pajoy za sumę 1,2 miliona dolarów przeszedł do krajowego giganta – klubu Atlético Nacional z miasta Medellín. Również w tym zespole od razu wywalczył sobie pewne miejsce w wyjściowej jedenastce i jeszcze w tym samym roku wywalczył z nim dwa krajowe trofea – puchar Kolumbii (Copa Colombia) i superpuchar Kolumbii (Superliga Colombiana). W sezonie Apertura 2013 zanotował natomiast z drużyną prowadzoną przez Juana Carlosa Osorio (swojego byłego trenera z Once Caldas) drugie w karierze mistrzostwo Kolumbii, zaś trzeci tytuł mistrzowski zdobył już pół roku później, w rozgrywkach Finalización 2013. Ponadto w tym samym 2013 roku po raz drugi z rzędu osiągnął również krajowy puchar. W styczniu 2014 za 2,5 miliona dolarów został zakupiony przez meksykańską ekipę CF Pachuca, w której barwach 4 stycznia 2014 w przegranej 0:1 konfrontacji z Tolucą zadebiutował w tamtejszej Liga MX. W wiosennym sezonie Clausura 2014 zdobył z Pachucą wicemistrzostwo kraju, jednak mimo regularnych występów i pewnego miejsca w składzie nie zdołał spełnić pokładanych w nim oczekiwań.