Powrócił do Krakowa w sierpniu 1939, ponieważ została tam jego narzeczona Anna Leonora Neuman. Po kilku miesiącach okupacji spędzonych w Krakowie postanowił przedostać się z nią na Węgry, a gdy się to nie udało za namową Eugeniusza Eibischa pojechali do Lwowa. Tam Stanisław Frenkiel został aresztowany przez NKWD za odmowę przyjęcia obywatelstwa radzieckiego i wywieziony do łagru Suchobezwodnoje w pobliżu miasta Gorki. W 1941 w Zakliczynie zmarła jego matka. Przeżył dzięki talentowi malarskiemu, ponieważ rysował portrety strażników w mundurach. Pod koniec 1941 ogłoszono amnestię i udało mu się uzyskać zwolnienie z obozu pracy, udał się wówczas do Tomska, ponieważ otrzymał informację, że Anna Neuman została deportowana do Jakucji w pobliżu Morza Ochockiego. Tam dowiedział się, że została przeniesiona na południe, wówczas udało mu się przedostać do Ałma-Aty. Dzięki Związkowi Artystów Kazachstanu dostał pracę przy malowaniu portretów lokalnych działaczy politycznych, nie ustając w poszukiwaniach, dowiedział się, że Anna znajduje się w Uzbekistanie, w mieście Fergana. Po dotarciu na miejsce przypadkiem spotkał ją, gdy stała w kolejce po chleb. Zostali deportowani do Kirgizji, ale w czasie podróży zachorowali na tyfus. Po wyleczeniu na początku 1942 pobrali się w osadzie Kurshab.