Premier próbował wykorzystać napięcia na linii ZSRR-Japonia na korzyść Mongolii i w celu uwolnienia się spod dominacji radzieckiejBaabar, B., History of Mongolia, 1999, , OCLC 515691746. s. 349.. W 1936 roku Stalin doprowadził do aresztowania Gendena pod zarzutem szpiegostwa na rzecz JaponiiBaabar, B., History of Mongolia, 1999, , OCLC 515691746. s. 348..
Po aresztowaniu Gendena władzę w kraju objął Chorlogijn Czojbalsan. Zmiany w rządzie uruchomiły falę czystek które przeprowadzało radzieckie NKWD a sami Mongołowie mieli na nie niewielki wpływBBC Films. „Secrets of the Steppe”.. W 1939 roku Mongolię zaatakowały z terytorium Mandżurii wojska japońskie. W ciągu kilku miesięcy połączone siły radziecko-mongolskie pod dowództwem Gieorgija Żukowa pokonały Japończyków. Po inwazji III Rzeszy na ZSRR Mongolia poparła radziecki wysiłek wojenny. W ramach pomocy wysłano do ZSRR pomoc w postaci surowców, zaopatrzenia, żywności czy odzieży wojskowej. W trakcie wojny miały miejsce zastąpienie alfabetu mongolskiego cyrylicą w 1941 oraz ostateczna kolektywizacja rolnictwaRobert L. Worden and Andrea Matles Savada, editors. „Economic Gradualism and National Defense, 1932–45". Mongolia: A Country Study. GPO for the Library of Congress.Ginsburgs, G (1961). „Mongolia’s „Socialist” Constitution”. Pacific Affairs..