Operacja odejmowania mniejszej liczby od większej może zostać zastąpiona przez wyznaczanie reszty z dzielenia. W tej wersji nowa para liczb składa się z mniejszej liczby oraz reszty z dzielenia większej przez mniejszą. Algorytm kończy się w momencie, w którym jedna z liczb jest równa zero – druga jest wtedy największym wspólnym dzielnikiem.

Przykład – wersja z odejmowaniem Załóżmy, że chcemy znaleźć największy wspólny dzielnik liczb 1989 oraz 867. Jeżeli od większej liczby odejmiemy liczbę mniejszą, wartość największego wspólnego dzielnika nie ulegnie zmianie. Ponieważ 1989 – 867 = 1122, nowa para liczb wygląda następująco: 1122, 867

Ponownie odejmujemy mniejszą liczbę od większej 1122 – 867 = 255, tworząc w ten sposób kolejną parę: 255, 867

867 nie jest już mniejszą liczbą.