W czasie II wojny światowej ks. Krause był proboszczem parafii św. Krzyża w Warszawie. Po kapitulacji stolicy przyjął z rąk żołnierzy Batalionu Stołecznego ich sztandar i ukrył go w kaplicy Matki Boskiej Częstochowskiej w Kościele Świętego Krzyża. Wraz z innymi zakonnikami został aresztowany 3 października 1939 i przewieziony na Pawiak. Kilku z nich, w tym ks. Krausego, wypuszczono po interwencji bpa Antoniego Szlagowskiego. Pozostali trafili do obozu w Gross-Rosen. W 1941 wraz z Zofią Kossak-Szczucką założył tajną organizację katolicką Front Odrodzenia Polski. Organizacja miała stanowić kontynuację istniejącej przed okupacją niemiecką Akcji Katolickiej. Ks. Krause uzyskał zgodę władz kościelnych na przenoszenie przez wiernych świeckich konsekrowanych hostii na teren więzienia śledczego – Pawiaka. W tamtym czasie nie była to zwyczajowa praktyka. Kapłan raz w tygodniu przygotowywał wiatyk w specjalnie przygotowanych naczyniach z podwójnym dnem (puderniczka i medalion) i oddawał go zaufanym „szafarzom”, którzy przemycali go dla więźniów. Również Jan Karski otrzymał we wrześniu 1942, przed wyruszeniem do Londynu z raportem Polskiego Państwa Podziemnego o sytuacji polskich Żydów, specjalny szkaplerz z ukrytą hostią z rąk ks. Krausego. Zanotowano słowa, które ks.