20 października 1889 poślubił Marię Klementynę Bauman (wnuczka Ernesta Baumana oraz córka inż. Stanisława Baumana i Jadwigi z domu Lubowieckiej), a świadkami na ich ślubie byli dr Józef Galant i Leopold Biega. Dziećmi Stanisława i Marii byli: Jadwiga Olga (1891–1983, nauczycielka, po mężu Brodzka), Stanisław (1893–1944, major dyplomowany Wojska Polskiego) i Bolesław (1896–1976, dyplomata). Wskutek działalności Stanisława, w 1905 przeszedł z żoną Marią w separację, oboje zamieszkali osobno we Lwowie. Ich synowie tymczasowo mieszkali w Sanoku pod opieką Leopolda Biegi, a córka zamieszkała we Lwowie z matką, która zmarła w 1908.
Stanisław Biega zmarł 19 kwietnia 1923 w Warszawie. 21 kwietnia został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kw. 211 rz. 3 grób 26). Nagrobek, poświęcony 25 listopada 1928, w formie obelisku z piaskowca na trzech kolumnach (symbolizujących zjednoczenie sokolstwa z trzech dzielnic) wraz z rzeźbą sokoła na szczycie, został ufundowany przez Związek Sokolstwa Polskiego;