Na początku 1945 udał się do Wiednia, gdzie został profesorem wizytującym na tamtejszym uniwersytecie. W 1946 polski rząd na podstawie fałszywych oskarżeń wystąpił o ekstradycję Jana Laubera, którego posądzano o prowadzenie eksperymentów, złego traktowania pacjentów oraz odmawiania pomocy lekarskiej. Rząd austriacki odmówił realizacji tych żądań, a cztery lata później po przeprowadzeniu badań przez komisję lekarską oddalił je. W 1950 Jan Lauber zwolniony od oskarżeń został konsultantem okulistycznym armii amerykańskiej stacjonującej w pobliżu Linzu. Zmarł dwa lata później w Salzburgu.

Dorobek naukowy Prowadził badania nad anatomią i ewolucją oka, a szczególnie wpływowi ciśnienia krwi na ciśnienie wewnątrzgałkowe. Zajmował się leczeniem hipotensyjnego zaniku nerwu wzrokowego, problemami z ograniczonym polem widzenia oraz badaniem oka z użyciem światła jako środka diagnostycznego.