W przeciwieństwie do niektórych innych włoskich trybunałów, inkwizycja w Modenie pozostawała bardzo aktywna jeszcze w wieku XVIII. W 1727 doszło do stracenia niejakiego Vincenzo Pelliciariego za nieortodoksyjne poglądy na temat Dziewicy Maryi. O zastosowaniu wobec niego kary śmierci zadecydował osobiście papież Benedykt XIII wbrew opinii Kongregacji Świętego Oficjum, rekomendującej skazanie na galery. Pellicciari jest jak dotąd ostatnim znanym heretykiem straconym z wyroku inkwizycji rzymskiej.
Zniesienie inkwizycji w Modenie nastąpiło za panowanie księcia Ercole III d’Este (panował 1780–1796). Władca ten najpierw zniósł trybunał w Reggio (1780), a następnie odebrał inkwizytorom Modeny uprawnienia w zakresie cenzury publikacji (1783). 6 września 1785 zmarł inkwizytor Modeny Giuseppe Maria Orlandi i jeszcze tego samego dnia książę rozwiązał trybunał w Modenie i tym samym ostatecznie zniósł inkwizycję w swym księstwie.