Po śmierci Foscarariego w 1564 biskupem Modeny ponownie został kardynał Morone, który w międzyczasie zdołał oczyścić się z podejrzeń o herezję. Za jego ponownego pontyfikatu w Modenie miało miejsce największe nasilenie represji wobec sympatyków reformacji (1564–1571). W lutym 1567 stracony został Marco Magnavacca, bolończyk, jeden z liderów ruchu reformacyjnego w Modenie.
Samodzielny trybunał (1598–1785) Wikariat inkwizycyjny w Modenie został podniesiony do rangi samodzielnego trybunału inkwizycyjnego na mocy dekretu Kongregacji Świętego Oficjum z 14 marca 1598. Było to następstwem aneksji Ferrary, dotychczasowej stolicy księstwa Este, przez Państwo Kościelne i w konsekwencji przeniesienia stolicy księstwa do Modeny. Kongregacja Świętego Oficjum uznała wówczas, że te okręgi, które dotychczas podlegały trybunałowi z Ferrary, a pozostały pod władzą dynastii Este (Modena, Reggio), powinny otrzymać własnych inkwizytorów. Cezar d’Este, książę Modeny, poparł tę decyzję, zarazem jednak próbował przy tej okazji doprowadzić do zwiększenia swego wpływu na działalność inkwizycji i do narzucania mianowanym przez Rzym inkwizytorom asysty własnych urzędników, na wzór Republiki Weneckiej. Te plany księcia nie zostały jednak zrealizowane.