18 października 2013 Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego podpisał z Pesą umowę na dostawę 10 elektrycznych zespołów trakcyjnych Acatus Plus do obsługi Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej. 26 września 2013 PKP Polskie Linie Kolejowe podpisały z włoskim przedsiębiorstwem Astaldi umowę na modernizację linii kolejowej nr 118 łączącej Kraków Główny z portem lotniczym Kraków-Balice. W ramach inwestycji powstały na tej linii 3 nowe przystanki oraz umożliwiono zwiększenie częstotliwości kursowania pociągów.
14 grudnia 2014 uruchomiono pierwszą linię SKA – S1 Wieliczka Rynek-Kopalnia – Kraków Główny. Operatorem linii zostały Koleje Małopolskie, które obsługę połączeń do Wieliczki przejęły od Przewozów Regionalnych. 16 grudnia 2014 Zarząd Dróg Wojewódzkich w Krakowie podpisał z konsorcjum firm Unicard i AMG umowę na realizację projektu Małopolskiej Karty Aglomeracyjnej.