Działalność naukowa Botaniką zainteresował się już w gimnazjum w Gorzowie. Odbywał liczne wycieczki botaniczne, głównie w okolicach Choszczna, towarzysząc m.in. Paulowi Aschersonowi, który gościł w majątku Wielgoszcz w Zielone Świątki 1873 roku. W dolinie Iny Paeske odkrył m.in. jako nowy gatunek dla Nowej Marchii ostrożeń łąkowy (Cirsium rivulare). Z Aschersonem pozostawał w kontakcie listownym i donosił mu o swoich odkryciach. Opublikował kolejne przyczynki do poznania flory Choszczna w latach 1874, 1876 (tu pierwsze notowanie w Nowej Marchii gatunku synantropijnego, chabra ciemnego (Centaurea nigra)) oraz 1878. W 1883 opracował sprawozdanie z badań botanicznych w powiatach Friedeberg (strzeleckim) i Arnswalde (choszczeńskim) wraz z danymi do flory północno-wschodniej części prowincji Brandenburgia. Zawiera ono wykaz gatunków z oceną stopnia rozpowszechnienia i opisem występowania na badanym terenie. W pracy Paeske zamieścił swoje obserwacje oraz dane udostępnione przez Paula Zecherta oraz E. Hungera. Według Wilhelma Libberta (1932/1933) publikacja ta stanowiła jedno z najważniejszych źródeł danych o choszczeńskiej i strzeleckiej florze. Paeske prowadził badania florystyczne także w dolinie Płoni i w okolicach Recza.