Ostatecznie w 1567 papież Pius V zdecydował o całkowitym odebraniu franciszkanom uprawnień inkwizytorskich i powierzeniu ich na stałe dominikanom. W tym samym roku w Faenzy został utworzony stały trybunał inkwizycji rzymskiej pod kierownictwem dominikanów, który obejmował swą jurysdykcją całą prowincję Romanię, oprócz diecezji Rimini i Pesaro. Pierwszym inkwizytorem został Angelo Gazini da Lugo. Trybunał w Faenzy zaliczany był w zakonie dominikańskim do trybunałów pierwszej (czyli najwyższej) klasy.
Nowy trybunał energicznie zabrał się za zwalczanie herezji w Faenzy. W latach 1567–1569 aresztowano około 150 osób, z czego 42 skazano na galery, 27 na więzienie, a 9 skazano na śmierć, z tym, że tylko dwie egzekucje wykonano w Faenzy, a pozostałe siedem w Rzymie..
W latach 1600–1607 na obszarze podległym inkwizytorowi Faenzy utworzono tzw. wikariaty rejonowe, czyli niewielkie okręgi na prowincji nadzorowane przez zastępców inkwizytora tytułowanych jako wikariusze rejonowi. W 1755 inkwizytor Faenzy Dionigi Bellingeri sporządził wykaz podległych mu wikariuszy i innych funkcjonariuszy, który zachował się do tej pory.