W latach 30. i 40. XVI wieku w diecezji Akwilei odnotowano kilka procesów przeciwko sympatykom reformacji. Przewodniczyli im duchowni diecezjalni (kanonicy kapituły w Cividale lub wikariusz patriarchy Akwilei), we współpracy z władzami świeckimi. Na przełomie lat 40. i 50. XVI wieku w procesy prowadzone przez lokalne sądy duchowne zaczął ingerować trybunał inkwizycji w Wenecji, mający nominalną jurysdykcję nad tą diecezją.
Właściwy początek istnienia trybunału inkwizycyjnego w Udine należy datować na rok 1556, gdy inkwizytorem Akwilei został franciszkanin konwentualny Bonaventura Farinerio. Jednakże najważniejszą osobą we wczesnej historii tego trybunału był mianowany w 1557 wikariusz patriarchalny Giacomo Maracco, który od 1558 jednocześnie miał status komisarza i delegata utworzonej w 1542 Kongregacji Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji. Status taki nadano mu w związku z podejrzeniami o herezję wobec ówczesnego patriarchy Akwilei Giovanniego Grimaniego. Patriarcha został wprawdzie ostatecznie uniewinniony, ale do końca był przez Rzym traktowany nieufnie, stąd nadzwyczajne pełnomocnictwa dla Maracco nie zostały nigdy odwołane i wikariusz wykonywał je aż do swej śmierci w 1576.