W 2014 r., w wieku 93 lat, został oskarżony o pomocnictwo w zamordowaniu 300 tys. osób w okresie służby w Auschwitz-Birkenau. Sprawa Gröninga toczyła się od kwietnia 2015 r. przed sądem w Lüneburgu. Przed sądem mówił: Proszę o wybaczenie. Ponoszę moralną winę, ale o tym, czy jestem winny w świetle prawa, musicie zdecydować wy. 15 lipca 2015 sąd okręgowy w Lüneburgu uznał, iż 94-letni esesman jest winny pomocnictwa w zamordowaniu co najmniej 300 tys. osób i orzekł wobec niego 4 lata więzienia. Dodatkowo sąd okręgowy w Luneburgu obciążył Gröninga w wyroku obowiązkiem pokrycia kosztów procesu, które ocenia się na kilkaset tys. euro.
Był on jednym z rzadkich przypadków, w którym oskarżony o zbrodnie wojenne nie zaprzeczał swojemu udziałowi, lecz przyznał, że uczestniczył w tym, co działo się w Auschwitz i że jest mu przykro. Adwokaci oskarżycieli posiłkowych nie zgodzili się na tak łagodne potraktowanie zbrodni wojennych i zapowiedzieli złożenie odwołania od wyroku, żądając skazania za zabójstwo, a nie tylko za pomocnictwoAuschwitz-Prozess: Nebenkläger fechten Gröning-Urteil an spiegel online vom 17. Juli 2015, abgerufen am 18. Juli 2015..