Od 1592 roku kościół pełnił funkcję ewangelickiego kościoła parafialnego. Zmiana funkcji kościoła spowodowała decyzję o rozbudowie świątyni. W latach 1688–1689 została wzniesiona, według projektu Barthela Ranischa, prostopadła barokowa nawa, usytuowana po północnej stronie korpusu.
W 1707 pojawiła się zewnętrzna kazalnica z figurami apostołów i symbolizującą Chrystusa postacią pelikana (obecnie wewnątrz kościoła)Marek Gotard https://www.trojmiasto.pl/wiadomosci/Zajrzyj-do-krypty-z-jedyna-gdanska-mumia-n35629.html Zajrzyj do krypty z jedyną gdańską mumią.
W 1749 roku została wybudowana wschodnia wieża o konstrukcji szkieletowej, którą obmurowano w połowie XVIII stulecia. W latach 1765/67 Friedrich Rudolph Dalitz, uczeń i współpracownik gdańskiego mistrza Hildebrandt wybudował w stylu rokoko 34-głosowe organy, usytuowane na emporze w zachodniej części kościoła. W 1916 roku świątynia została uszkodzona przez uderzenie pioruna, co spowodowało przeprowadzenie prac remontowych. W 1936 roku kościół przeszedł restaurację. Świątynia została nieznacznie zniszczona w czasie II wojny światowej (wywieziono organy, powypadały witraże, zginęły dwa dzwony i mechanizm zegara z wieży, ograbiono podziemne krypty). Po roku 1945 część budynków wchodzących w skład zespołu rozebrano, a pozostałe wykorzystano jako domy mieszkalne.