W okresie II wojny światowej, po zajęciu Helu, żołnierze niemieccy wykorzystywali kościół jako magazyn, salę kinową i sypialnię.
Od 1946 kościół parafialny znajduje się pod opieką ojców Franciszkanów.
W 1955 roku, w nawie głównej kościoła wzniesiono marmurowy ołtarz z krucyfiksem o wysokości 8,5 metrów. Od lat 60. na ścianach kościoła powstawały dekoracyjne malowidła. W 2011 roku na ołtarzu w nawie głównej stanęło tabernakulum z bursztynu, nawiązujące do wybrzeża Bałtyku i falującego morza.
28 grudnia 1989 roku kościół wpisany został do rejestru zabytków przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Gdańsku.
Od 1933 roku na wieży kościoła znajdują się trzy dzwony: „Stanisław Biskup Męczennik” (największy), „Maryja Królowa Polski” (średni) oraz „Jan Wojciech, patron Polski” (mały). Zwyczajowo, wszystkie włączone dzwony obwieszczają śmierć parafianina.
W kościele znajdują się również organy zbudowane w 1936 przez firmę Sauer. Pochodzą ze świątyni poewangelickiej z Pomorza Zachodniego. Zamontowane zostały w 1948 przez organmistrza Bronisława Cepkę z Popowa koło Wronek. Instrument posiada 28 głosów, 2 klawiatury, elektryczne: trakturę gry i trakturę rejestrów.