Znaczenie inkwizycji turyńskiej wzrosło w okresie reformacji. Girolamo Rachia da Chieri, inkwizytor w latach 1519–1547, podjął polemikę z Marcinem Bucerem i zdołał przekonać księcia Sabaudii-Piemontu Karola III do wydania zakazu sprowadzania pism luterańskich do księciaTavuzzi, s. 236-237.. W latach 1536–1559 Piemont znalazł się pod okupacją Francuzów, którzy utworzyli w Turynie parlament jako najwyższą władzę sądowniczą, od 1539 także w sprawach o herezję. Inkwizytor Tommaso Giacomelli aktywnie współdziałał z parlamentem w represjonowaniu waldensów, kalwinistów, a także rzekomych czarownic, czego dowodzą zachowane w dużej mierze akta tej instytucjiDel Col, s. 326.. Po odzyskaniu kontroli nad Piemontem (1559) książę Emanuel Filibert doszedł do porozumienia ze Stolicą Apostolską w sprawie kierowania i koordynowania działalności inkwizycyjnej w jego domenie. W 1560 w Turynie utworzono stałą nuncjaturę apostolską, która miała być ogniwem pośrednim między lokalnymi trybunałami a utworzoną w 1542 centralną Kongregacją Świętego Oficjum w Rzymie. Inkwizytorzy wszelkie działania mieli podejmować w porozumieniu z sabaudzkim rządem i nuncjuszem apostolskimBlack, s.