Celem ochrony w rezerwacie jest zachowanie kompleksu źródliskowych torfowisk wiszących i soligenicznych torfowisk mechowiskowych w dolinie niewielkiego cieku, stanowiącego dopływ Słupi, a także cennych ekosystemów wodnych, bagiennych, łąkowych i leśnych. W jego granicach występuje 5 gatunków roślin objętych ścisłą ochroną gatunkową (m.in.: kukułka Fuchsa, kukułka szerokolistna, listera jajowata i wawrzynek wilczełyko) i 11 gatunków objętych ochroną częściową.
W pokładach torfu wykształciła się warstwa wapienna w postaci trawertynu, zwanego również alabastrem egipskim. Miąższość torfu i trawertynu w niektórych miejscach wynosi ponad 3 metry.
Rezerwat objęty jest ochroną czynną, w ramach której funkcjonują zastawki ograniczające niekorzystne skutki przeprowadzonych niegdyś melioracji oraz, raz w roku, wykaszane są łąki i torfowiska soligeniczne.
Podstawy prawne Rezerwat utworzony został na mocy Rozporządzenia nr 15/08 Wojewody Pomorskiego z dnia 18 czerwca 2008 r. w sprawie uznania za rezerwat przyrody „Mechowiska Czaple”.