W 2012 został z niego wyodrębniony Wydział Pedagogiczny, który stał się drugą podstawową jednostką organizacyjną uczelniTadeusz J. Zieliński, Utworzenie Wydziału Pedagogicznego ChAT, „Studia z Teorii Wychowania” 2012 nr 2 (5), s. 10. (w 2019 przemianowany na Wydział Nauk Społecznych).

16 listopada 2016 z okazji 200-lecia obecności teologii jako dyscypliny akademickiej na forum uniwersyteckim w Warszawie (w związku z obchodami 200-lecia Uniwersytetu Warszawskiego) odbyło się wspólne posiedzenie Rady Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie i Rady Wydziału Teologicznego ChAT. Podczas tego posiedzenia podjęto wspólną uchwałę zawierającą deklarację na temat związków obu Wydziałów i woli współpracy w przyszłości. Posiedzeniu towarzyszyła zorganizowana przez Wydziały Teologiczne UKSW i ChAT 2-dniowa konferencja naukowa pt. 200 lat teologii uniwersyteckiej w Warszawie.

Studia W Wydziale prowadzone są obecnie następujące studia: