Prace te świadczą o stopniowym przekształcaniu obronnego zamku w wygodniejszą rezydencję.
W lecie 1539 roku na zamku przebywali Mikołaj Kopernik oraz Jerzy Joachim Retyk, będący gośćmi ówczesnego biskupa chełmińskiego Tiedemanna Giesego. Podczas pobytu w Lubawie Retyk pracował nad Narratio prima, pierwszym drukowanym przedstawieniem teorii heliocentrycznej Kopernika.
thumb|center|800px|Panorama Lubawy z drugiej połowy XVII wieku na obrazie z kościoła w Lipach. Po lewej stronie widoczny zespół zamku biskupiego z wysoką wieżą północno-zachodnią
Przekształcenia w XVII wieku Z zachowanych inwentarzy wynika, że w początkach XVII wieku wnętrza zamku były już bogato urządzone. Inwentarz z 1614 roku wymieniał między innymi sklepioną i polichromowaną salę ozdobioną herbami Korony Polskiej i Zygmunta III Wazy oraz przedstawieniami królów polskich.
Szerzej zakrojone prace przeprowadzono za biskupa Jakuba Zadzika w latach 1624–1635 i jego następcy Jana Lipskiego. Objęły one przede wszystkim reprezentacyjne piętro zamku. Wprowadzono nowe podziały wnętrz, kamienne portale i kominki, ozdobne piece kaflowe oraz marmurowe posadzki. W izbie stołowej znajdowała się galeria portretów biskupów chełmińskich.