Połączenie Ministerstwa Spraw Zagranicznych i Ministerstwa ds. Europejskich w jedno ministerstwo promowała partia TOP 09, która w późniejszym okresie zdobyła stanowisko ministra spraw zagranicznych. Premier Petr Nečas podjął decyzję o ustanowieniu sekretarza stanu ds. Unii Europejskiej w biurze rządu, jednak do powstania nowego stanowiska nie doszło, gdyż przewodniczący TOP 09 i minister spraw zagranicznych, Karel Schwarzenberg nie wydali na to zgody. Schwarzenberg uzasadnił swoją decyzję tym, że lepszym rozwiązaniem będzie istnienie tylko Ministerstwa Spraw Zagranicznych, gdyż będzie zarządzane przez jedną osobę, rząd dokona oszczędności i uniknie rywalizacji pomiędzy dwoma urzędami, których kompetencje są powiązane. Później twierdził, że nie chce bez powodu przekazywać kompetencji swojego ministerstwa innym ministerstwom rządu. Według Petra Nečasa istnienie urzędu ds. polityki europejskiej, podporządkowanemu premierowi, wynikało z umowy koalicyjnej i oświadczeń w sprawie polityki rządu, które koalicja zawarła i zobowiązała się zmodyfikować odpowiednią ustawą. Argumentował, że instytucja rządowa ds. koordynacji z Unią Europejską jest niezbędna, gdyż będzie koordynowała negocjacje państwa z Unią Europejską (wiele z nich to negocjacje na tematy ekonomiczne).