14 września 2006 odcinek planowanej linii M3 łączący Port Praski z Gocławiem włączono w plany linii M2 i nazwano odcinkiem południowym tej linii, tym samym ustalając długość II linii na 27 km. Tego dnia poinformowano także, że w 2007, prócz odcinka centralnego, rozpocznie się również budowa odcinków północnego i nowego południowego. Przetargi na te odcinki planowano ogłosić w połowie 2007. Z kolei budowa odcinka zachodniego, będącego ówcześnie na etapie prac studialnych, mogłaby rozpocząć się kilkanaście miesięcy po rozpoczęciu prac przy odcinkach praskich.
W uchwalonym 10 października 2006 przez Radę Warszawy „Studium uwarunkowań kierunków zagospodarowania przestrzennego m.st. Warszawy” linie II i III nadal występowały osobno. Łącznie planowano na nich 26 stacji: 20 przystanków na linii II oraz 6 na linii III, nie licząc stacji przesiadkowej na linię II, nazywanej wówczas Stadion.
Ostatecznie linia M2 miała liczyć 31 km i składać się z 27 stacji: 8 stacji na odcinku zachodnim (D), 7 stacji na odcinku centralnym (C), 6 stacji na odcinku wschodnim-północnym (A), 6 stacji na odcinku wschodnim-południowym (B).
Ponadto na potrzeby linii miały powstać dwie stacje techniczno-postojowe: Karolin (dawniej Mory) i Kozia Górka.