Podobnie jak wszystkie cerkwie unickie na Podlasiu, obiekt posiadał wyraźnie zlatynizowane wyposażenie. Większość jego łacińskich elementów wyposażenia została usunięta ze świątyni w latach 1835–1838, podczas akcji delatynizacji unickich świątyń i obrzędów przygotowującej konwersję całej unickiej diecezji litewskiej na prawosławie. Z powodu niechęci właścicieli miejscowych dóbr, Pieńkowskich, do współfinansowania zakupów typowo prawosławnego wyposażenia świątyni, jak również oddziaływania pijarskiego klasztoru w Drohiczynie na miejscowych unitów, delatynizację cerkwi w Narojkach przeprowadzono ze szczególnymi trudnościami. Ostatecznie jednak w 1837 proboszcz miejscowej parafii zgodził się przejść na prawosławie, a formalnie uczynił to (w imieniu całej placówki duszpasterskiej) na synodzie połockim w lutym 1839. Jeszcze w tym samym roku cerkiew w Narojkach, jako wyjątkowo uboga i pozbawiona wsparcia finansowego miejscowych właścicieli, została zamknięta.
Budowa murowanej cerkwi prawosławnej w Narojkach miała miejsce w latach 1865–1866, większość funduszy na ten cel przekazało państwo rosyjskie.