W sezonie 1992 zespół jako Istarawszan Uroteppa debiutował w pierwszych niepodległych rozgrywkach Wyższej Ligi Tadżykistanu i zakończył sezon na szóstym miejscu (z 12 drużyn). W 1995 klub zdobył tytuł wicemistrza, ale potem wycofał się z rozgrywek mistrzostw Tadżykistanu 1996 roku. W 1999 ponownie startował w najwyższej lidze, w której zajął czwarte miejsce, a następnie ponownie wycofał się z rozgrywek w kolejnym sezonie. Po zmianie 10 listopada 2000 nazwy miasta na Istarawszan zmienił również nazwę na FK Istarawszan i w 2003 ponownie wystartował w najwyższej lidze. Zajął końcowe 7. miejsce. Sezon 2004 Uroteppa Istarawszan nie dokończył - został zdyskwalifikowany po 31 kolejce, a potem rozwiązany.
Od 2009 roku reaktywowany FK Istarawszan uczestniczył w turnieju Pierwszej Ligi. W 2010 i 2011 roku zespół został zwycięzcą grupy sogdyjskiej Pierwszej Ligi, a w 2012 ponownie grał w najwyższej tadżyckiej lidze. W 2013 zajął spadkowe 10. miejsce.