W latach 1862–1867 i 1880–1886 był przewodniczącym Wydziału Przyrodniczego Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Sekretarz Niemieckiego Stowarzyszenia Przyrodniczego od 1857 do 1879 roku oraz prezes Towarzystwa Przemysłowego od 1872 do 1874 roku i był nim jeszcze w 1879 roku. Zmarł w Poznaniu 27 lipca 1892 roku, a jego grób zachował się na Cmentarzu Zasłużonych na Wzgórzu św. Wojciecha w Poznaniu.
Brunon Józef Szafarkiewicz był dwukrotnie żonaty: w latach 1824–1869 z Emilią Malinowską, z którą miał kilkoro dzieci, m.in. Stanisława (1853–1885), Annę (1854–1855), Kazimierza (ur. 1856), Helenę (1866–1869) i od 1871 roku z Ludwiką Siemiątkowską.
Szafarkiewicz był w drugiej połowie XIX w. najbardziej zasłużonym przyrodnikiem i społecznikiem-pozytywistą w zaborze pruskim i nazywano go „poznańskim Wokulskim”. Będąc pedagogiem i badaczem był autorem podręcznika szkolnego Historia naturalna do szkół, kurs I (1850, 1864) i kurs II (1853, 1861). Zebrał bardzo obszerny zielnik, z którego często korzystali niemieccy floryści: Ritschl, Pfuhl i Spribille. Popularyzował wiedzę przyrodniczą. Kładł największe zasługi jako społecznik-filantrop, rozbudowując miasto. Odkrył pokłady iłów w Starołęce i wybudował nowoczesną cegielnię.