W pierwszych latach II wojny światowej zajmował się badaniami nad soją. W tym czasie przedsiębiorstwa spożywcze zaczęły produkować mąkę z domieszką sojową, a gubernator stanu powołał New York State Emergency Food Commission i zaangażował się w kampanię promującą wyroby sojowe. W lipcu 1943 roku McCay przeniósł się do Bethesda, gdzie na zlecenie United States Navy prowadził badania nad żywieniem. Po zakończeniu wojny popularność soi i jej zużycie spadło.
W 1947 roku McCay znalazł się na życzenie gubernatora wśród członków zespołu, który miał opracować nową dietę dla pacjentów szpitali psychiatrycznych. Opracowana mąka z domieszkami soi i sproszkowanego mleka była badana na szczurach, które rozwijały się na niej lepiej niż na diecie opartej na tradycyjnej mące. W 1950 roku w nowojorskich szkołach zaczęto wydawać dzieciom pieczywo z mąki z domieszką soi.