W wyborach w 2006 uzyskał mandat deputowanego do Izby Poselskiej. Został członkiem Komisji ds. Zagranicznych i Komisji ds. Europejskich. W wyborach w 2010 utrzymał mandat. Objął stanowisko wiceprzewodniczącego komisji spraw zagranicznych i wiceprzewodniczącego frakcji deputowanych socjaldemokratów. W 2012 został wiceprzewodniczącym Izby Poselskiej. W kolejnych wyborach parlamentarnych w 2013, zakończonych zwycięstwem Czeskiej Partii Socjaldemokratycznej, uzyskał reelekcję. 27 listopada tego samego roku wybrano go na przewodniczącego niższej izby czeskiego parlamentu, funkcję tę pełnił przez całą kadencję. W 2017 ponownie wszedł w skład Izby Poselskiej, po czym został jej pierwszym wiceprzewodniczącym.
W lutym 2018 został wybrany na przewodniczącego Czeskiej Partii Socjaldemokratycznej. Kierowane przez niego ugrupowanie ostatecznie zdecydowało się na koalicję rządową z ANO 2011, dla której poparcie w parlamencie zadeklarowała Komunistyczna Partia Czech i Moraw. 27 czerwca 2018 Jan Hamáček został pierwszym wicepremierem oraz ministrem spraw wewnętrznych w drugim rządzie Andreja Babiša. Dodatkowo jako p.o. objął obowiązki ministra spraw zagranicznych (z uwagi na zablokowanie nominacji oficjalnego kandydata socjaldemokratów przez prezydenta Miloša Zemana).