Rygorystyczny system Kanzana został przekazany następnym pokoleniom szkoły rinzai. Kanzan przekazał swoją Dharmę dla Juō Sōhitsu (1296–1390), który został drugim opatem świątyni. Trzecim opatem został Muin Sōin (1326–1410).
Jeden z kolejnych opatów Setsudō Sōboku zaangażował się w politykę – był bliskim przyjacielem buntowniczego Yoshihiro Ōuchi (1356–1399), który wywołał gniew Yoshimitsu Ashikagi. Gdy rebelia potężnej rodziny Ōuchi została zgnieciona w 1399 roku, restrykcjom została poddana także Myōshin-ji. Setsudō Sōboku został uwięziony w Seiren-in. Skonfiskowano grunty świątyni, a ona sama stała się filią Daitoku-ji. Musiał także zmienić nazwę na Ryōun-ji i następnie stała się filią Nanzen-jiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: A History. Japan. s. 192..
Ostatecznie w 1431 roku świątynia ta całkowicie usunęła się z systemu gozan i od tej pory była zaliczana do grupy rinka („spod lasu”)Heinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 178.. Stało się to na skutek wykorzystania politycznych, społecznych i ekonomicznych zmian, które przekształciły system religijnych instytucji po wojnie domowej Ōnin (1467–1477). Linia Myōshin-ji (jak i linia Daitoku-ji) nie brała udziału w pompatycznym systemie gozan i po odejściu z niego była zdolna odwrócić sytuację – ze statusu outsidera do autorytetuMichel Mohr.