Po rewolucji październikowej nadzór nad świątynią przejął Rumuński Kościół Prawosławny. Cerkiew wróciła w jurysdykcję Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1947. Pawieł Statow, proboszcz placówki, doprowadził do jej remontu. Dziesięć lat później budowla została ponownie przekazana Patriarchatowi Rumuńskiemu, gdzie była zwykłą świątynią parafialną. W 1967 wnętrze obiektu odnawiali malarze Victor Costiurin, Victor Zenlicica i Eugen Profefa. Podczas trzęsienia ziemi w Bukareszcie w 1977 główna dzwonnica cerkwi została uszkodzona (pojawiły się na niej pęknięcia), co wymusiło konieczność nowego remontu. Przystąpiono do niego jednak dopiero w 2000 i przerwano z powodu braku funduszy, po czym w 2002 wznowionoBiserica Rusă are nevoie de români.
W 1992 patriarcha rumuński Teoktyst ponownie uczynił cerkiew św. Mikołaja świątynią uniwersytecką.
Architektura Cerkiew reprezentuje styl bizantyjsko-rosyjski i wyraźnie różni się swoją architekturą od budowanych w tradycyjnym stylu miejscowym świątyń prawosławnych Rumunii.