Podczas I wojny światowej Stefan Pajączkowski wspierał rannych żołnierzy, za co został odznaczony przez władze austriackie. Podczas pobytu w Wiedniu zainteresował się malarstwem po odwiedzeniu tamtejszych galerii i muzeów. Uczęszczał do Akademii Wojskowej w Wiener Neustadt. Uchwałami Rady Miejskiej w Sanoku z 1916 i z początku 1918 był uznany przynależnym do gminy Sanok.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości został przyjęty do Wojska Polskiego II RP i przydzielony do szwadronu zapasowego 6 pułku ułanów Jazdy Lwowskiej w Rzeszowie (później przekształconego w 6 pułk Ułanów Kaniowskich). 14 września 1918 zdał egzamin dojrzałości w Państwowym Gimnazjum w Sanoku. W 1919 skierowany do Oficerskiej Szkoły Jazdy w Starej Wsi. W 1920 był w szpitalu. Po odbyciu studiów prawniczych na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie i uzyskaniu absolutorium, nie kontynuował pracy w zawodzie, lecz edukował się w zakresie rysunku i malarstwa sztalugowego u boku malarza-batalisty Zygmunta Rodakowskiego. W 1926 ukończył Wyższe Kursy Ziemiańskie we Lwowie. Zamieszkał we wsi Wańkowice, gdzie był zarządcą dóbr i prowadził tam gospodarstwo rolne, a w 1927 ożenił się i założył rodzinę. Został awansowany na stopień podporucznika rezerwy pospolitego ruszenia w Korpusie Oficerów Kawalerii ze starszeństwem z 1 lipca 1925.