Prawdopodobnie w pierwszych dniach maja 1945 ze strony AK doszło do nieudanego zamachu na A.N. Botiana. Został on przerzucony na tereny Czechosłowacji.
Po zakończeniu wojny Aleksiej Botian służył w stopniu kapitana bezpieczeństwa państwowego w I Zarządzie Narkomatu Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR (od 1946 Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR, zaś od 1954 Komitetu Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR). W tym czasie wypełniał liczne misje zagraniczne pracując m.in. ponownie w Czechosłowacji. Pełnił funkcję konsultanta Grupy Specjalnego Przeznaczenia Wympieł. Doszedł do stopnia pułkownika bezpieczeństwa państwowego. W 1983 odszedł ze służby. Do 1989 pracował w KGB jako cywilny specjalista. 9 maja 2007 dekretem Prezydenta Federacji Rosyjskiej otrzymał tytuł Bohatera Federacji Rosyjskiej za „męstwo i heroizm, które wykazał podczas operacji oswobodzenia polskiego miasta Krakowa i uniemożliwienie zniszczenia go przez niemieckich faszystów w czasie Wielkiej Wojny Ojczyźnianej 1941–1945 roku”.
W 2017, z okazji swoich setnych urodzin, został odznaczony Orderem „Za zasługi dla Ojczyzny”.
Życie prywatne Ożenił się z Czeszką Heleną Gincel (Galina Władimirowna Botian), władał językami polskim, czeskim i niemieckim.