W 1782 r. zwierzchnik rumuńskiego Kościoła greckokatolickiego, biskup Făgăraș Grigore Maior, złożył rezygnację ze swojego stanowiska. Zgodnie z praktyką Kościołów wschodnich został zwołany synod, na którym w sierpniu 1782 r. dokonano elekcji nowego hierarchy. Ioan Bob uzyskał w głosowaniu zaledwie trzecie miejsce, mimo to został wyznaczony na biskupa przez cesarza Józefa II (21 października 1783 r.). Stało się tak prawdopodobnie dlatego, że Bob jako jedyny z kandydatów nie był zakonnikiem. Nominacja została potwierdzona przez papieża Piusa VI 15 grudnia 1783 r.
Ioan Bob został konsekrowany 6 czerwca 1784 r. przez Grigore'a Maiora, a 2 lipca 1784 r. odbył ingres do katedry Świętej Trójcy w Blaju.
Nowy biskup był gorącym orędownikiem praw ludności rumuńskiej w monarchii habsburskiej. Wraz z prawosławnym biskupem siedmiogrodzkim podpisał i przedstawił 30 marca 1792 r. na dworze w Wiedniu , petycję zawierającą rumuńskie postulaty. Memoriał ten został jednak odrzucony.
Ioan Bob reprezentował autorytarny model przywództwa w Kościele, co doprowadziło również do kilku starć (m.in. z Ionem Budai-Deleanu).