Kolejna reaktywacja KGUJ nastąpiła w 1959 r. W 1964 r. Koło przyjęło za patrona prof. Ludomira Sawickiego. Przystosowując się do obowiązujących warunków KGUJ skupiło się głównie na poszerzeniu odgórnie narzuconego programu studiów geograficznych poprzez własne badania naukowe studentów. Odbywały się one początkowo w czterech sekcjach: Geomorfologicznej, Hydrograficznej, Klimatologicznej i Geografii Ekonomicznej. Później utworzono również sekcje Geografii Fizycznej Kompleksowej. Podstawową formą prowadzenia badań były organizowane, przez sekcje lub ZSP, letnie i zimowe obozy naukowe. Inne formy działalności zanikły lub straciły na znaczeniu. Nie ustała działalność w ogólnopolskim ruchu kół naukowych geografów. Delegaci KGUJ uczestniczyli w Ogólnopolskich Zjazdach Studenckich Kół Naukowych Geografów, często osiągając sukcesy. Koło organizowało ośmiokrotnie ogólnopolskie zjazdy w 1927, 1933, 1971, 1973, 1981, 1991, 2002 i 2013 r. Mimo napiętej sytuacji politycznej w listopadzie 1981 r. z okazji jubileuszu 100-lecia istnienia Koła zorganizowano w Zakopanem XVII Ogólnopolski Zjazd Studenckich Kół Naukowych Geografów, zakończony hucznym balem.