Apologetyka teoretyczna Aby doprowadzić apologetykę do naukowej odrębności, należało wyodrębnić jej przedmiot materialny, sprecyzować przedmiot materialny i opracować metody. Apologetyka totalna, nazwana tak ze względu na oryginalne opracowanie przedmiotu formalnego, dokonuje historycznego wyświetlenia charakteru Kościoła oraz jego przystosowania do pragnień człowieka. Apologetyka totalna nie opierała się na klasycznej metafizyce, kładąc raczej nacisk na fenomenologię.
Apologetyka teoretyczna była obiektem krytyki ze strony takich recenzentów jak Sz. Szydelski czy S. Pomykała. Pierwszy zarzucał całemu systemowi apologetyki totalnej zbytnią teoretyczność, przez którą staje się ona „apologetyką dla apologetyki”. Pomykała natomiast zarzucał apologetyce teoretycznej chwiejność w przedstawianiu przedmiotu materialnego, który przeszedł jego zdaniem z apologii w rzeczywistość bronioną przez apologię.
Apologetyka stosowana Apologia stosowana była systemową weryfikacją apologii Jezusa z Nazaretu. W odpowiedzi na krytyczną analizę religijnej świadomości Jezusa Kwiatkowski podjął się egzegezy i historycznej weryfikacji całej Ewangelii.