Ukończywszy studia ze srebrnym medalem uzyskał Kowalski cesarską dotację na studia zagraniczne, po czym przez rok kształcił się w pracowni Karla Rauppa w Monachium. Następnie wyjechał do Paryża, gdzie uczył się u Jeana Paula Laurensa, Beniamina Constanta i Augusta Girardota. Podróżował po Francji, Włoszech i Niemczech, następnie wrócił do Krakowa z zamiarem przedłużenia stypendium, jednak nowy dyrektor szkoły, Julian Fałat, skierował go na kilkumiesięczny staż w pracowni Leona Wyczółkowskiego. Potem Kowalski wrócił do Paryża.
Ponownie przyjechał do Krakowa w 1905 roku z żoną, Marią z Kubickich-Piotruch. Odtąd brał czynny udział w polskim życiu artystycznym, m.in. był jednym z założycieli "Grupy Zero" w 1908 a w 1911 jednym z założycieli i pierwszym prezesem Związku Artystów Plastyków, organizatorem wystaw. Lata I wojny światowej spędził w Kijowie tworząc m.in. "Polską Szkołę Sztuk Pięknych". Po roku 1920 wrócił do Krakowa i ponownie wybrany został prezesem Związku Artystów Plastyków a w 1929 roku prezesem Towarzystwa Artystów Grafików. Uczestniczył w licznych wystawach – tak w kraju, jak i za granicą.