W styczniu 1894 duchowny padł ofiarą napaści we własnym domu i został dotkliwie pobity przez bandytów. Nie odzyskał już zdrowia i zmarł w październiku/listopadzie t.r. (według dokumentów związanych z pogrzebem śmierć nastąpiła 31 października, natomiast urzędowy mariański spis zmarłych marianów podaje datę 28 listopada). Błędnie podaje się, że ksiądz Szwernicki miał być pochowany 3 grudnia 1894 w kościele irkuckim. W rzeczywistości doczesne szczątki kapłana złożono w katolickiej kwaterze cmentarza Jerozolimskiego w Irkucku. Pomnik na jego grobie istniał jeszcze w latach czterdziestych XX wieku. Cmentarz został zlikwidowany w czasach sowieckich na polecenie Breżniewa, a na jego miejscu wybudowano park rozrywkiKosmowski Jan MIC,Marianin Krzysztof Szwermicki, apostoł zesłańców syberyjskich i jego irkucka parafia, Warszawa 2023, s. 319-323..
Przez władze rosyjskie został uhonorowany orderem św. Stanisława III klasy (1870) i orderem św. Anny III klasy (1879).
Upamiętnienie W 2023 roku został wydany tomik wierszy Tomasza Jankowskiego pt.: W krwawym polu srebrne ptaszę. Autor opisał w nim dzieje powstania styczniowego. Jeden z rozdziałów, o nazwie: Ks. Krzysztof Szwernicki, został poświęcony tytułowej postaciTomasz Jankowski, W krwawym polu srebrne ptaszę, Wydawnictwo AD REM, Jelenia Góra 2023, s. 108, .